L’AP-HM  s'est organisée selon les directives du Plan Cancer pour prendre en charge de manière performante et humaine les malades atteints de cancer. Le projet médical et le projet d’établissement ont fait de la cancérologie une des priorités de l’institution développée sur les sites Centre (Timone/Conception) et Nord.

Un Centre de Coordination en Cancérologie veille à la mise en oeuvre des soins selon les règles établies par l’Institut National du Cancer et les référentiels nationaux et internationaux.

Des Réunions de Concertation Pluridisciplinaires ont donc lieu sur tous les sites permettant une analyse complète et de qualité des dossiers des malades pris en charge. L'organisation du Dispositif d'Annonce est une des priorités.

Les liens étroits au sein du CHU avec l’Université et la Faculté de Médecine favorisent l’implication des médecins dans la recherche. L’AP-HM est un des membres fondateurs de Cancéropôle PACA et du Pôle de référence PACA Ouest en Cancérologie.